Najstarsze dane o miejscowościach z terenu obecnej parafii Trzęsiny są o wsi Czarnystok-Ruś. Wieś została osadzona w r. 1536 przez Jana, Krzysztofa i Szczepana Latyczyńskich, którzy dali prawo na zamieszkanie w tym miejscu Sienkowi. W r. 1593 wioskę włączono do Ordynacji Zamojskiej. Źródła podają, że z pagórka, zwanego “Górą Trzęsińską”, wydobywano kamień na budowę murów Zamościa (ponadto na kościół “Na wodzie” w Zwierzyńcu). W Czarnymstoku-Rusi istniała cerkiew unicka filialna należąca do parafii Tereszpol. Data budowy nieznana. W r. 1699 wzmiankowana jako cerkiew parafialna unicka pw. św. Praksedy, która funkcjonowała do r. 1875, następnie zamieniona na cerkiew prawosławną. W pobliżu cerkwi istniał cmentarz. Cerkiew rozebrano na przełomie w. XIX/XX. Na miejscu cerkwi postawiono murowaną kapliczkę, która istnieje do dziś. W r. 1902 wzniesiono prawosławną drewnianą cerkiew w Trzęsinach, głównie staraniem prawosławnych zakonnic osiadłych w zabranym, przez rząd carski na rzecz prawosławia, klasztorze OO. Bernardynów w Radecznicy.  Zakonnice prowadziły, przez pewien czas, szkołę w Trzęsinach w budynku obecnej plebanii. Od r. 1902 przy cerkwi zamieszkał pop w charakterze kapelana. Taki stan trwał do I wojny światowej. Po I wojnie światowej cerkiew zamieniono na kościół rzymskokatolicki. Parafię łacińską erygował, 15 X 1922 r., bp. lubelski Marian Fulman. Została wydzielona z parafii: Radzięcin i Szczebrzeszyn. Od początku swego istnienia  znalazła się w ramach dekanatu Szczebrzeszyn (obecnie w dekanacie biłgorajskim północnym). Plebanię urządzono w dawnej szkole, a budynki gospodarcze wybudowano w r. 1926. Cmentarz grzebalny założono w r. 1925. Od 2 maja 1930 r. do 8 lutego 1932 r. proboszczem w Trzęsinach  był ks. Zygmunt Pisarski.

II wojna światowa zapisała się smutnymi wspomnieniami w historii parafii. W r. 1943 wysiedlono Trzęsiny i Smoryń; były ofiary śmiertelne. Mieszkańcy razem ze swoim proboszczem, ks. J. Perskiewiczem, przeszli obóz w Zwierzyńcu. W r. 1948 w Trzęsinach gościł bp lubelski Stefan Wyszyński. Teren parafii uległ nieznacznemu powiększeniu w r. 1955 na skutek przyłączenia małej miejscowości Żelebsko (5 domów).

Kapitalny remont plebanii w r. 1996 (była niezamieszkana od 1987 r.), dobudowano kotłownię na olej opałowy w r. 1998, odbudowano “Organistówkę” z przeznaczeniem na Dom Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży (prace trwały w latach: 1997-99). Tablicę pamiątkową, poświęcił Jan Paweł II w Zamościu 12.06.1999 r. Uroczystego poświęcenia i otwarcia Domu dokonał ks. bp Mariusz Leszczyński w dniu 7 XI 1999 r. Odnowiono też świątynię parafialną Do cmentarza zrobiono drogę asfaltową a także ułożono parking przy cmentarzu.

Kościół parafialny, pw. Świętego Jana Chrzciciela, pierwotnie cerkiew prawosławna, z r. 1902, drewniany, na podmurówce z cegły i kamienia, rekoncyliowany 15 października 1922 r. przez ks. a. Wadowskiego. W 1923 r. po lewej stronie prezbiterium  dobudowano zakrystię.

W latach: 1933-34 kościół przebudowano i powiększono. Wykonano nowy ołtarz główny z  obrazami: Chrztu Chrystusa w Jordanie i Św. Antoniego Padewskiego oraz 2 ołtarze boczne - pomalowane na biało z pozłacanymi ornamentami. Świątynia  została oszalowana. W 1955 r. zdjęto kopułę, która była na cerkwi prawosławnej (wcześniej zmieniono tylko krzyż). W roku 1957 dokończono budowę wieży nad przednią częścią nawy. W 1957 r. wykonano nową chrzcielnicę. W latach 1982/83 szalowano sufit w kościele. W 1983 r. zrobiono nowy ołtarz soborowy, dębowy. W 1991r. - odnowiono dach na kościele. W latach 1998/2000: malowanie i złocenie ołtarzy, ambony i chrzcielnicy, malowanie z zewnątrz kościoła i dzwonnicy, malowanie wewnątrz oraz odnowienie obrazów, feretronów oraz Drogi Krzyżowej, wykonano nową instalację elektryczną  kościoła, wymieniono wyposażenie zakrystii.

Orientowany, nawa na rzucie prostokąta, z mniejszą, kwadratową kruchtą z frontu, otwartą na nawę. Od wschodu prezbiterium zamknięte ścianą prostą, po obu jego bokach zakrystie. W przedniej części nawy chór muzyczny na dwóch słupach. Nawa przykryta jest stropem z zaokrąglonymi fasetami. Prezbiterium pozornym sklepieniem o mocno spłaszczonym łuku. Okna zamknięte półkoliście. Bryła kościoła prosta, ściany oszalowane deskami przybijanymi pionowo z listwowaniem, wzmocnione lisicami, narożniki odeskowane. W elewacji frontowej nad drzwiami głównymi kruchty małe okienko chóru, w szczycie dachu ząbkowane wiatrownice. Szczyt dachu nawy głównej oszalowany w jodełka, w jego środku duże okna zamknięte półkoliście. Nad przednią częścią nawy trójczłonowa wieża na rzucie kwadratu, przykryta wysokim, ośmiopołaciowym ostrosłupem zwieńczonym krzyżem. Dachy dwuspadowe, pobite blachą.

W ołtarzu głównym obrazy:  Chrztu Chrystusa w Jordanie i Św. Antoniego Padewskiego. Po lewej stronie nawy ołtarz Św. Józefa Oblubieńca NMP, z prawej obraz Matki Bożej.

Obok kościoła drewniana dzwonnica z r. 1950, w niej 2 dzwony. Na cmentarzu kościelnym kamienna figura z krzyżem na cokole  pamiątka  prześwięcenia kościoła 15 .X.1922 r.

B. Inne obiekty sakralne istniejące na terenie parafii:

1. Drewniana kapliczka św. Antoniego w Trzęsinach, przy drodze do Żelebska, za cmentarzem, obok źródełka, z pocz. w. XIX (data na belce 1803 r.) Przez pewien czas mieszkał tu pustelnik, a w czasie II wojny światowej była schronieniem dla Żydówki.

2. Murowana kapliczka w miejscu dawnej cerkwi w Czarnymstoku na Rusi. Obecnie w wyposażeniu kapliczki jest ludowa rzeźba Św. Michała Archanioła, patrona Małopolski. Święty trzyma w prawej ręce wzniesiony miecz, w lewej wagę i depcze lewą nogą szatana. Doliną Gorajca przebiegała historyczna granica Małopolski i Rusi Czerwonej.

3. Drewniana kapliczka w Smoryniu z XIX w., wotum hrabiny za ocalenie z zarazy.

Ponadto na terenie parafii istnieje 15 figur murowanych i 14 krzyży przydrożnych

C. Cmentarze:

1. Cmentarz grzebalny, położony 300 m na południowy - wschód od kościoła, pod lasem, poza zabudową, założony w r. 1925, poświęcony 2 listopada 1926 r., o kształcie wydłużonego czworoboku o powierzchni ok. 1 i pół morga, podzielony na kwatery. Groby w rzędach, kierowane na wschód. Na cmentarzu nie ma nagrobków o wartościach zabytkowych. Jest kilka grobów prawosławnych (w dawnej części cmentarza prawosławnego).Najstarsze nagrobki pochodzą z lat 1925-30. Cmentarz ogrodzony metalowymi przęsłami w 1984 r. Znajduje się tu drewniana kaplica postawiona w 1992 r.

2. Cmentarz z I wojny światowej, nieczynny, położony 800 m. na zachód od wsi przy trasie od Smorynia do Frampola, poza zabudową, po lewej stronie tej trasy, obok lasu  sosnowo - dębowego. Cmentarz powstał po 1915 r., choć nie wykluczone, że dopiero w 1918 r. tj. po uzyskaniu przez Polskę niepodległości. Ma układ prostokąta o powierzchni 3,5 ara, z symetrycznie rozlokowanymi mogiłami zbiorowymi. Na cmentarzu znajduje się 6 mogił zbiorowych, obwiedzionych betonowymi opaskami. Na mogiłach metalowe krzyże z tabliczkami "żołnierz nieznany". Na mogile centralnej krzyż żelazny (do niedawna drewniany) upamiętniający założenie cmentarza. Na cmentarzu pochowani są żołnierze armii rosyjskiej i austriackiej polegli w czasie I wojny światowej. Cmentarz ogrodzony jest siatką metalową przy metalowych słupkach, na podmurowaniu.